保卫萝卜2的挑战模式是一种规则独特的玩法，其核心机制在于过关后萝卜的生命值不会自动回复，这意味着在整个挑战旅程中，萝卜所受的每一次伤害都是永久性的，极大地提升了游戏的策略性与容错要求。与此玩家无法自由选择炮塔，系统会在特定波次随机提供三种炮塔供玩家选择此后该关卡只能建造所选类型的炮塔，这要求玩家必须具备更强的随机应变与阵容构建能力。挑战模式中设有特定的存档点与宝箱关卡，成功击败作为存档点的BOSS关卡后，游戏进度会被保存，而宝箱关卡则能提供一次性奖励，为后续挑战积累资源。
在挑战模式下，炮塔的选择与运用策略与普通模式有显著区别。由于怪物血量普遍增厚，构建防线的思路主要分为全力输出与控场拖延两种。在随机提供的炮塔中，太阳、章鱼或飞机因其具备优秀的范围伤害与清障能力，常被选作前期开局和发展经济的首选。磁铁炮塔是挑战模式中极为重要的功能性炮塔，它能从每个怪物身上吸取金币，有效缓解中后期建造与升级炮塔的资源压力。减速类炮塔方面，月亮塔因其范围减速效果与尚可的攻击力成为优选，而冰冻星则需谨慎使用，因其攻击可能意外解除雪花炮塔的定身效果。
资源管理与战术技巧是挑战模式通关的关键。前期应优先利用具有范围攻击能力的炮塔快速清理场景道具，以获取额外金币并开拓建造空间。雪花炮塔在挑战模式中具有战略价值，其满级后可冻结怪物2.5秒，通过在不同位置交错建造多个雪花塔，可以实现对怪物的连续控制乃至永冻效果，为输出争取宝贵时间。面对强力怪物波次或BOSS时，合理使用游戏内暂停功能来审时度势，或在怪物即将触碰萝卜前暂停并重新开始当前波次，是避免萝卜损失生命的有效方法。若萝卜已受伤，可以退回已通关的关卡获取急救包道具进行恢复。
挑战模式的最终目标是尽可能以无损的状态完成关卡，因为通关评价与奖励直接关联萝卜的剩余生命值。每关开始时，评价牌会显示数字10，代表初始的完美分数，萝卜每被攻击一次，该数字就会减少，同时金萝卜奖励也会降级为银萝卜。整个挑战过程的核心追求便是在随机炮塔的限制下，通过精妙的布局、实时的资源调配以及对控场时机的精准把握，保护萝卜免受任何伤害。掌握这些核心机制与策略，方能在这个更具难度的模式中稳步前行。
