在后期阶段，少年三国志零的阵容搭配需要综合考虑武将属性、羁绊关系、兵种克制以及军师技能联动。核心思路是围绕高星级传说武将构建专精化阵容，例如输出爆发流、控制流或持续作战流。赵云、诸葛亮、周瑜等武将因其技能机制和成长潜力成为后期首选，同时需搭配黄月英、张飞等辅助或坦克型武将以平衡攻防。合理激活羁绊效果如五虎上将或吴国弓手能显著提升战力，而军师选择上优先考虑周瑜（灼烧流）或荀彧（治疗控制）。
灼烧流是后期热门阵容之一，核心在于利用周瑜的群体灼烧效果配合吴国弓手的暴击加成。典型配置包括太史慈、甘宁、孙尚香和步练师四名弓手，搭配周瑜军师。这些弓手在攻击灼烧或迟缓状态敌人时暴击率翻倍，配合周瑜的烈焰飞羽和火计可实现持续高爆发。前排需配置典韦、黄盖等具备护盾和回复能力的盾兵，确保后排输出环境。该阵容对宝物要求较低，紫色弓手专属宝物即可提供可观的百分比加成，养成负担相对较小。
控制流阵容依赖诸葛亮和黄月英的双重控场能力，通过沉默、眩晕等效果压制敌方技能释放。核心组合为诸葛亮（后排输出兼控）、黄月英（机关术辅助）、赵云（前排突进）和张飞（群体嘲讽）。军师选择荀彧可进一步强化团队生存，其群体治疗和护盾技能能有效弥补控制间隙的防御短板。宝物推荐弦无虚发增强命中率，太学技能优先点出润物无声提升治疗效果。此阵容对抗爆发型敌人效果显著，但需注意敌方解控武将的针对性破解。
持续作战流以张郃、徐晃为核心，通过时间累积叠加攻击力或士兵强化效果。张郃的愈战愈勇每8秒提升20%攻击（可无限叠加），徐晃的虎贲力士随击杀增加士兵攻击力。搭配大乔的持续治疗和黄盖的生命转移技能，形成越战越强的滚雪球效应。该阵容对布阵要求较高，需将黄盖、董卓分路防守，张郃集中突破一路。弱点在于惧怕敌方重骑速攻，需通过调整站位分散敌方火力。
面对高爆发阵容时可增加兀突骨、孟获等减伤盾兵；对抗持久战对手则需强化周瑜、黄忠等穿透型输出。养成方面优先提升核心武将的星级和专属士兵等级，红宝物与红武魂的随机属性需针对性刷取。跨服活动中建议保留2-3套成型阵容以应对不同战术环境，避免单一流派被克制导致的战力瓶颈。
