精灵替换是基础但重要的操作，主要通过游戏菜单中的怪兽选项完成。具体步骤为：在非战斗状态下打开菜单，选择怪兽功能，点击首位精灵后按A键选择调换位置选项，随后选择需要替换的精灵即可完成位置交换。这一操作不消耗任何游戏资源，但需注意战斗中无法进行精灵替换，必须等待战斗结束。
替换精灵前需考虑队伍平衡性，建议根据当前道馆属性或野外遇到的精灵类型来调整阵容。游戏初期在常青森林附近可捕获绿毛虫等易进化精灵，这类精灵进化速度快，12级左右就能学习强力技能，适合作为过渡精灵使用。队伍中应保持至少一只高攻精灵和一只防御型精灵，以应对不同战斗场景。精灵球建议多储备，火红版以捕捉精灵为核心玩法之一。
游戏中有多个固定地点可进行特殊精灵交换，如水系道馆所在城市的PC屋左上民宅、25号路隧道入口等。这些特殊交换通常需要用特定精灵换取稀有品种，如用毛球交换蔓藤怪、小火马交换海狮等。交换后的精灵会获得经验值加成，成长速度比普通捕捉的精灵更快。但要注意交换是单向且不可逆的，需谨慎选择要交换的精灵。
后期在紫苑镇宝可梦商店可免费领取基础款精灵球，补给站或等级奖励也会赠送特殊精灵球。不同精灵球的使用场景有讲究，普通球不适合捕捉高等级精灵，否则容易浪费资源。火红版没有后续世代新增的特殊球种，如诱饵球或梦境球等。替换精灵时可配合使用喷雾剂避免遭遇野生精灵干扰，特别是在洞穴等精灵密集区域。
联机交换需要两个玩家各自捕捉一只精灵作为交换媒介，使用模拟器联机时需取消Pausewheninactivewindow选项避免失败。交换过程中不能关闭任何一方模拟器，否则会导致交换中断。通过联机交换可以获得版本限定精灵，如火红版专属的凯西家族，这对完成图鉴有重要意义。联机交换还能触发部分精灵的特殊进化条件。
替换神兽级精灵需特别注意，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟分别位于1号岛灯火山顶、无人发电厂深处和双子岛瀑布区域，超梦则在华蓝洞窟底层。这些神兽捕获难度极高，建议队伍中保留会冲浪、攀瀑等秘传技能精灵，并配备足够的高级球和状态异常道具。神兽一旦替换出队伍，再次捕获需要重新挑战，因此不建议频繁更换。
